（一）办公室。负责机关日常运转，承担文电、信息、宣传、安全、机要、档案、信访、政务公开、行政后勤等工作；负责重要会议和活动的组织安排并督办落实；负责重要文件、综合性文稿起草和重大课题综合调研工作；负责机关财务管理、资产管理和内部审计工作。
（二）政策法规科。负责规范性文件的合法性审查以及依法行政工作；组织开展行政审批执法监督工作，负责有关行政许可决定的审核，牵头组织行政许可决定撤销工作；负责听证、行政复议、行政应诉等工作；承担行政权力清单的编制和调整工作。
（三）数据资源科。牵头组织拟订数字启东、数字经济、数字社会、数字政府规划；研究数据领域重大趋势和重大问题；负责数字相关战略规划、重大政策、重大项目等的评估督导。承担推动数据资源整合共享和开发利用工作；承担落实国家大数据战略有关工作；拟订数据资源分类分级管理制度，负责公共数据归集，协调推进公共数据确权授权，推动信息资源跨行业跨部门互联互通；引导数据交易场所建设发展。
（四）数字经济科。承担数字经济发展规划编制及组织实施工作；承担统筹推进数字经济发展相关工作；研究拟订促进数字产业化和产业数字化、推动跨领域跨行业数字化转型的政策措施；促进数字技术和实体经济深度融合。
（五）数字社会和数字政府科。承担数字社会发展规划编制及组织实施工作；协调推动公共服务和社会治理信息化，协调推进智慧城市建设；协同推进数字公共服务普惠化、数字社会治理精准化、数字生活智能化。承担数字政府建设规划编制及组织实施工作；统筹规划市电子政务云平台、电子政务外网等基础设施；统筹规划一体化协同办公体系，推动机关内部事务线上集成化办理；推动部门信息系统整合，负责“一件事一次办”、政务服务“一网通办”等应用支撑体系的建设；承担市级政务信息化项目及运维经费的相关审核工作。
（六）数字科技和基础设施建设科。牵头推进数字基础设施布局建设工作，拟订有关数字基础设施布局规划并推动实施；配合推进数据领域核心技术、关键设备等重大科技攻关，协同推动数据要素相关学科专业体系和人才队伍建设；拟订相关数据安全政策并组织实施；协同开展网络数据跨境流动安全评估和监管工作。
（七）行政审批制度改革科。负责研究提出全市简政放权、放管结合、优化服务工作的政策措施，提出取消下放行政许可事项的建议；推进行政审批规范化，负责行政许可等依申请办理政务服务事项目录动态管理；负责清理规范涉审中介服务、优化行政审批流程，参与“证照分离”改革。
（八）政务服务科。承担全市政务服务体系建设相关工作，协调指导镇(园区、街道)、村(社区)政务服务工作；统筹负责政务服务事项实施清单和办事指南标准化；组织协调南通市县一体化政务服务管理平台的推广应用，推进“不见面审批(服务)”改革、“一件事一次办”和政务服务“一网通办”;组织市级政务服务事项集中受理办理；负责政务服务事项办理运行的指导、协调、监督，对政务服务业务数据进行统计分析；负责政务服务综合标准化建设工作。负责对全市政务服务代办帮办工作的指导、管理和协调；负责推进市、镇、村三级政务服务代办帮办体系建设和整体联动；负责牵头制定政务服务代办管理制度，牵头梳理、公布政务服务代办事项目录；负责对市本级政务服务代办工作进行考核评价。
（九）市场准入科。负责全市除外商投资企业外的各类经营主体登记注册工作；承担食品经营、药品经营许可等行政审批事项，并限时办结；负责与业务关联部门的衔接、沟通、协调等工作。
（十）综合审批科(安全生产监管科)。负责户外广告设置、危险化学品经营许可、烟花爆竹零售经营许可、营业演出许可、娱乐场所设立等文化类事项，经营高危险性体育项目等体育类事项，文物保护单位原址保护等文物类事项审批；负责演出场所经营单位备案、第三类非药品类易制毒化学品经营备案等；负责组织业务相关的联合踏勘、联合竣工验收等工作；负责与业务关联部门的衔接、沟通、协调等工作；负责业务相关专家库的建立与管理工作；协助业务相关中介服务机构的管理工作；负责部门和单位安全生产监管职责。
（十一）投资管理科。负责权限内的政府投资项目审批与企业投资项目核准、备案；负责权限内建设项目环境影响评价文件审批、固定资产投资项目节能审查；负责建设项目用地预审与选址意见书、建设用地规划许可证的核发；负责重大项目、重点工程审批事项的任务分解，牵头做好综合咨询和预审服务推进工作；负责业务相关审批平台应用推进工作；负责与业务关联部门的衔接、沟通、协调等工作；负责业务相关专家库的建立与管理工作；协助业务相关中介服务机构的管理工作。
（十二）工程许可科。负责城市建筑垃圾处置核准和处置费的征收；负责建设工程规划许可证核发，建筑工程施工许可；负责建设项目方案审查的组织实施；负责应建防空地下室的民用建筑项目报建、人防工程拆除、报废、改造等相关审批；负责建设项目建设工程规划竣工核实和人防工程竣工验收备案、人防工程平时开发利用登记；负责商品房预售许可、现售备案；负责城镇污水排入排水管网许可证核发；负责楼面结构变动许可；负责政府投资项目初步设计审批；会同有关部门做好业务相关的联合踏勘、联合竣工验收等工作；负责权限内竣工验收备案；负责与业务关联部门的衔接、沟通、协调等工作；负责业务相关专家库的建立与管理工作；协助业务相关中介服务机构的管理工作。
（十三）公共资源交易管理科。负责全市公共资源交易管理工作，制定实施公共资源交易管理相关细则和交易规则；推进全市公共资源“不见面交易”体系建设；对进入市公共资源交易平台的交易活动进行现场监管；负责公共资源交易活动相关投诉的协调指导和转办督办；牵头法律、法规、规章尚未明确监管部门的市级公共资源进行交易的监管；协调督促行业监管部门依法履行监管职责；管理招标(采购)代理机构。
（十四）督查科。负责政务服务相关的评估督导工作；负责市政务服务大厅日常管理工作，负责对各进驻部门、单位的政务服务行为进行监督检查，对窗口工作人员进行日常管理、教育培训和监督考核；承担政务服务大厅服务投诉受理、调查和处置工作；承担审批服务群众满意度测评、群众意见建议反馈和测评结果运用工作；会同有关科室推进政务服务综合标准化建设和宣贯工作；负责综合绩效考核管理工作。
总师室。负责数据、政务服务、行政审批的技术指导和管理工作。
机关党委。负责机关及所属事业单位党群、干部人事、机构编制、劳动工资、教育培训等工作；负责机关及所属事业单位人才队伍建设，指导所属事业单位的专业技术职务评聘工作；负责干部档案管理工作；负责机关及所属事业单位出国(境)人员审核报批工作；负责离退休干部工作。