市卫生健康委员会设10个内设机构，各内设机构主要职责如下。
（一）办公室。负责机关日常运转工作,承担文电、会务、机要、档案、督查、重要文稿起草、保密、信访、政务公开、建议提案办理等工作；拟订卫生健康工作年度责任目标，负责卫生健康系统综合目标管理考核；负责监督、指导、协调机关及所属事业单位安全保卫工作；承担新闻宣传和信息发布、网络舆情应对处置等工作。
（二）人事科。拟订全市卫生健康人才发展政策、规划并组织实施；指导全市卫生健康人才队伍建设；负责机关和所属事业单位的机构编制、干部人事、劳动工资等工作；负责卫生健康专业技术人员资格考试、职称评聘工作；组织指导卫生健康管理干部培训工作；负责机关及所属事业单位的党建、意识形态和精神文明建设等工作；负责双拥、统战及离退休干部工作；组织指导卫生健康工作领域的对外交流与合作；承担机关及所属事业单位外事管理工作；协助做好援疆、援青、援外工作。
（三）财务审计科。拟订全市卫生健康经济政策；承担机关和预算管理单位预决算、财务、资产管理、政府采购和内部审计工作；提出各类卫生健康专项资金安排建议并监督使用；负责卫生总费用核算工作；提出全市医疗服务价格政策建议；协调指导所属事业单位基本建设和基础建设项目推进等工作。
（四）法规科（综合监督科、行政服务科）。承担规范性文件的合法性审查工作，承担行政复议、行政应诉和法律法规咨询、解释等工作；负责卫生健康行政审批工作，并限时办结；承担公共卫生、医疗卫生等监督工作，查处医疗服务市场违法行为；组织开展职业卫生、放射卫生、学校卫生、公共场所卫生、饮用水卫生、传染病防治和健康产业等监督检查；完善综合监督体系，指导规范执法行为；推进全市卫生健康诚信体系建设；开展食品安全风险监测、评估和交流，承担食品安全企业标准跟踪管理。
（五）基层卫生和妇幼健康科（卫生应急办公室）。拟订基层卫生健康政策并组织实施；指导全市基层卫生健康服务体系建设和基层医疗卫生机构能力评价工作；指导家庭医生签约服务、基层基本公共卫生服务和乡村医生相关管理工作；拟订全市重大疾病防治规划、免疫规划、严重危害人民健康的公共卫生问题的干预措施并组织实施，完善疾病预防控制体系，防止和控制疾病的发生和疫情的蔓延；承担全市法定报告传染病疫情信息收集上报工作；承担市地方病防治领导小组办公室、市艾滋病与结核病防治工作委员会办公室的日常工作；拟订全市职业卫生、放射卫生相关政策并组织实施；开展重点职业病监测、专项调查、职业健康风险评估和职业人群健康管理工作；承担职业病防治工作；拟订全市妇幼卫生健康政策，并组织实施；推进妇幼健康服务体系建设；指导妇幼卫生、母婴健康安全保障、出生缺陷防治、婴幼儿早期发展和生育技术服务工作；规范避孕药具管理；承担突发公共卫生事件的预防控制和紧急医学救援工作；组织编制专项预案，承担预案演练的组织实施和指导监督工作；指导卫生应急体系和能力建设；承担全市突发公共卫生事件应急处置信息收集上报工作。
（六）医政医管科（中医科、信息统计科、市干部保健委员会办公室）。监督实施国家和省医疗机构及医务人员、医疗技术应用、医疗质量和安全、医疗服务、采供血机构管理以及行风建设等行业管理政策规范、标准；组织实施医疗技术、医疗质量、医疗服务等地方性规范、标准；承担推进护理、康复事业发展工作；指导和管理医院药事、临床重点专科建设、临床实验室、医疗急救体系建设、医院感染管理等有关工作；负责开展和督导全市医疗机构评审评价；负责征兵、招生体检工作；会同有关部门做好医患纠纷调处、惠民医疗、残疾人康复、平安医院建设、对口支援等工作；组织实施大型医用装备配置管理；承担重要会议与重大活动的医疗保障工作；贯彻落实国家药物政策和国家基本药物制度，执行国家基本药物目录和省药品增补目录；组织开展药品使用监测、临床综合评价和短缺药品监测预警，拟订短缺药品供应保障政策并协调实施；健全药师继续教育制度，指导医疗机构药学服务工作；提出药品价格政策和基本药物目录内药品生产鼓励扶持政策的建议；组织拟订卫生健康事业发展中长期规划；统筹规划与协调优化全市医疗卫生资源配置工作；指导全市卫生健康事业发展规划的编制与实施；指导卫生健康服务体系建设；组织推进卫生健康信息化建设；组织开展卫生健康统计工作；拟订卫生健康科技发展规划及相关政策；组织、指导卫生健康科技创新与成果转移转化体系建设；组织实施卫生健康科研项目、新技术评估管理和适宜技术推广；承担与人体健康相关的实验室生物安全监督工作；组织开展住院医师、专科医师培训等毕业后医学教育和继续医学教育工作，协同指导院校医学教育；推进全科医生队伍建设；组织机关健康扶贫工作；拟订中医药事业中长期发展规划、计划并组织实施；指导并监督中医医疗机构及其医务人员、医疗质量、医疗服务等管理政策规范、标准实施；指导综合医院、妇幼保健机构、专科医院以及基层医疗卫生机构中的中医药工作；拟订中医药人才发展规划，负责中医药师承教育工作；负责中医药和中西医结合工作的管理；负责市干部保健委员会确定的保健对象的医疗保健工作；负责国家和省市领导、重要外宾的医疗安排；负责市级部门有关干部医疗管理工作；承担市干部保健委员会办公室的日常工作。
（七）健康促进科（市爱国卫生运动会委员会办公室）。负责拟订健康启东建设职责分工方案、年度计划和相关制度并协调组织实施；组织对全市各区（镇）、各部门推进健康启东建设工作的指导与督查、考核和评估，开展重大问题调研；组织开展卫生城镇、健康城镇的创建和考核评价工作；负责农村改厕、病媒生物防制和农村饮用水水质监测工作；组织开展卫生健康宣传、健康教育等活动；承担卫生健康科学普及等工作；承担健康启东建设领导小组办公室、市爱国卫生运动委员会办公室的日常工作。
（八）人口监测与家庭发展科（老龄健康科）。承担全市人口监测预警工作并提出人口与家庭发展相关政策建议；落实生育政策；建立和完善计划生育特殊家庭扶助制度；负责计划生育奖励和扶助政策的执行、审查、监督、协调等工作；组织拟订并协调落实推进健康老龄化的政策措施；负责推进全市医养结合工作，建立和完善老年健康服务体系；承担老年疾病防治、老年人医疗照护、老年人心理健康与关怀服务等老年健康工作；承担市老龄工作委员会办公室职责，负责拟订全市老龄工作相关政策；督促、检查市老龄工作委员会决定事项的落实情况；指导协调老龄宣传工作；负责联系、协调市老龄工作委员会各成员单位。
（九）体制改革科。承担市深化医改综合试点工作领导小组办公室和公立医院管理委员会办公室的日常工作；组织推动公立医院综合改革，推进管办分离，健全现代医院管理制度；拟订公立医院运行监管、绩效评价和考核办法并组织实施。
(十)安全生产监管科。主要职责为牵头拟订本部门、本行业落实安全生产责任制和相关法律法规的工作规划；指导本部门、本行业安全生产综合监管工作；组织开展本部门、本行业安全检查和专项检查；参与各类安全生产事故调查工作；综合协调本部门、本行业安全生产工作等。