办公室（党委办公室）
承担拟订本单位综合工作制度、年度工作计划；组织起草和审核重要文稿；承担公文处理、会务管理、信息调研、档案管理、机要保密、来信来访、值班值守、国家安全等工作；组织实施政务公开、政府信息公开、税收宣传和涉税舆情管理工作；组织实施督查督办工作；组织办理人大代表议案、建议和政协委员提案；承担后勤事务的管理、保障和服务工作，承担拟订机关事务具体工作制度并组织实施和监督检查；参与机关后勤体制改革工作；承担机关的安全保卫工作；承担贯彻落实绩效管理和数字人事工作发展规划、制度规范，拟定具体实施办法；分解落实上级下达的考评指标，拟订本单位年度绩效计划及考评指标，组织实施绩效考评工作；组织开展数字人事推行工作，承担数字人事日常管理；开展其他考核考评工作。承办党委文件、会议、督办等有关日常综合性事务。
法制股
承担组织实施依法行政工作；承担涉及多个税种、社会保险费和有关非税收入综合性政策文件会办、起草和落实工作；承担规范性文件合法性审查、合规性评估、备案审查、清理等工作；承担重大执法决定法制审核工作；组织协调重大税收案件审理；组织办理行政复议、行政诉讼等事项；组织办理涉税反补贴案件应对工作；承担公职律师和法律顾问相关工作；承担本单位内部控制工作的组织、管理和监督；组织实施税收执法督察，开展对社会保险费和有关非税收入法律、法规、规章及规范性文件执行情况的监督检查；组织实施预算执行、基本建设、政府采购等内部财务审计；组织实施本单位税收执法责任制工作；督促落实督察审计发现问题的整改工作；协调配合外部监督和上级监督，统筹协调内部监督检查工作。
税政股
承担组织实施增值税、消费税、车辆购置税、企业所得税、个人所得税、房产税、城镇土地使用税、土地增值税、契税、城市维护建设税、印花税、资源税、环境保护税、车船税、耕地占用税、烟叶税和进出口税收的征收管理工作，拟订征收管理具体实施办法；承担相关税种和进出口税收具体业务问题的解释和处理；组织落实相关税种的税收优惠政策；承担增值税发票管理，组织相关信息系统的推广应用及管理；参与海关特殊监管区域税收管理工作；参与拟订出口退（免）税年度安排，分配下达并组织实施年度退税安排；指导相关税种和进出口税收的日常管理、日常检查；参与相关税种和进出口税收的风险管理和纳税辅导、咨询服务、税收法律救济等工作。
国际税收管理股
组织实施国家（地区）间税收条约（安排）；承担非居民所得、居民境外所得税收管理等跨境税收管理工作；组织实施反避税调查和预约定价管理工作；组织实施税收服务“一带一路”建设；组织国际税收情报交换等国际税收征管协作；参与国际交流合作和对外技术援助；承担本单位外事管理。
社会保险费和非税收入股
承担组织实施基本养老保险费、基本医疗保险费、失业保险费、工伤保险费、生育保险费等社会保险费和文化事业建设费、废弃电器电子产品处理基金、教育费附加和地方教育附加、残疾人保障金等有关非税收入的征收管理以及工会经费代收工作；研究制定具体实施办法；指导社会保险费和有关非税收入的日常征管、日常检查工作；参与有关社会保险费和有关非税收入征收的政策辅导、咨询服务、法律救济等工作。
收入核算股
承担研究拟订本单位税收、社会保险费和有关非税收入中长期规划，参与拟订税收、社会保险费和有关非税收入预算目标并依法组织实施；承担拟订出口退（免）税年度安排，组织落实免抵调库年度安排；承担统筹协调组织收入工作，开展收入预测分析、预警分析和收入质量管理；承担重点税源监控、企业税收资料调查工作；组织落实会统核算、缴库退库、票证管理等制度，实施会计监督；承担贯彻落实税收经济分析工作制度，拟订具体实施办法；参与建立并落实税收经济分析指标体系；运用税收数据对本地区经济运行情况开展动态监控分析；开展国家和地区重大经济发展战略实施情况专题分析和本地区与国外、国内同类型地区的比较分析；组织开展税收政策效应分析，跟踪评估减免税等政策实施效果；承担本单位税收经济分析工作。
纳税服务股
组织开展本单位纳税服务（含缴费服务，下同）工作；组织实施纳税服务制度和规范；组织开展面向纳税人、缴费人的税法宣传、纳税辅导、咨询服务、办税服务和权益保护等工作；承办12366转办工单；承担办税服务厅、纳税服务热线等面向纳税人和缴费人的服务渠道管理及服务效能评价与监测；承担税收信用体系建设；组织办理纳税服务投诉；承担落实涉税专业服务监管政策及制度，统筹协调社会化纳税服务；组织实施纳税人需求收集、分析和应对。
征收管理股
承担组织落实综合性税收征管法律、法规、规章及规范性文件，拟订具体操作办法；统筹管理面向纳税人的各类征管措施；组织实施税务登记、申报纳税、欠税（费）、普通发票、个体工商户等征管工作；承担征管质量监控评价；承担组织落实信息化规划、方案和制度，实施本单位信息化建设、考核评价和验收工作；承担税务行业标准和业务需求管理；承担各类税收征管信息系统业务维护工作，承担信息化立项和预算管理。
税收风险管理股
承担数据管理和风险管理的目标规划、制度规定的实施工作；承担上级局下发风险应对任务的整合和推送；承担本单位税费风险模型构建、分析识别、任务推送、监控评价、结果反馈等工作；承担各类税收数据、社会保险费和有关非税收入数据的采集、集中存储、加工处理、质量控制、分析应用、共享交换及税务云平台管理等事项；承担组织、协调、指导、考核本单位税收数据和风险管理工作。
财务管理股
承担贯彻落实本单位预决算管理、基建管理、会计核算管理、财务内控管理和政府采购、资产管理等规章、制度，拟订具体实施办法；审核汇编部门预算、决算，组织实施部门决算执行和公开工作；组织实施会计核算、会计基础规范工作；组织实施国库集中收付工作，办理具体收付事项；拟订年度采购计划，办理具体采购事项；承担资产管理工作；承担税务着装管理工作；组织实施基建项目管理。
组织人事股
承担组织落实干部人事制度及税务人才队伍建设规划，拟订具体实施方案；承担人事、机构编制、公务员管理、干部考核等工作；承担工资、人事档案、专业技术职务管理等工作；办理因公出国（境）政审和因私出国（境）管理事项；承担拟订并组织实施干部培训、学历教育管理制度、工作规划、年度计划；组织开展培训质量考核与评估；承办教育培训项目的开发与管理；承担教育培训经费管理工作；承担老干部的服务和管理工作。承担党的组织建设、党员队伍建设等工作。
机关党委（党建工作股）
组织实施机关党建和党风廉政建设工作；统筹承担机关党员教育、管理、监督和服务工作；组织开展机关思想政治工作和精神文明建设；承担机关统战工作；协调机关工会、共青团、妇委会开展机关群团工作。
根据有关规定，设置党委纪检组，名称为“中共国家税务总局启东市税务局委员会纪律检查组”。承担机关和派出机构党的纪律检查工作。